علی مطهری دارای دکتری فلسفه از دانشگاه تهران در حال حاضر مدیریت انتشارات صدرا را بر عهده دارد.

مطهری در اتخاذ مواضع سیاسی معمولا از مواضعی "خاص و شاذ" بهره می‌برد به طوری که جریان فتنه 88 و در اوج موضع‌گیری‌های نخبگان سیاسی علیه سران فتنه و فتنه‌گران، علی مطهری اعلام کرد که علاوه بر سران فتنه، "احمدی‌نژاد" هم باید محاکمه شود.

علی مطهری در قضایای طرح سوال از رئیس جمهور به علت آنچه که خود کوتاهی هیئت رئیسه می‌پنداشت، از نمایندگی مردم تهران در مجلس استعفا داد، اما با گذشت زمان و آغاز ثبت‌نام داوطلبان مجلس نمایندگی مجلس نهم، مطهری باز هم داوطلب نمایندگی مجلس شورای اسلامی شد.

مطهری نظرات خاص خود را در ارتباط با فتنه 88 دارد؛ نظراتی که سیاسیون این نظرات را بیشتر حمایت از فتنه می‌دانند تا رد آن.

مطهری در گفت‌وگو با سایت خبرآنلاین –منتسب به لاریجانی- درباره انتخابات سال 88 و فتنه و همچنین درباره حضور فتنه‌گران در انتخابات مجلس گفته بود که " فكر میكنم غیر از آقای موسوی و شاید آقای كروبی بقیه افراد نباید مشكلی داشته باشند."

البته اعضای جبهه پایداری بر خلاف نظر مطهری، معتقدند که لاریجانی به عنوان ساکت فتنه، فاقد صلاحیت ریاست بر مجلس نهم است؛ در این زمینه حجت‌الاسلام آقاتهرانی از اعضای شاخص جبهه پایداری و از جمله افراد تأثیرگذار مجلس اعلام کرد که "رئیس مجلس نهم نباید ساکت فتنه باشد".

مطهری دارای 4 خواهر و 2 برادر است که علی لاریجانی رئیس مجلس و علی عباس‌پور دو داماد خانواده شهید مطهری هستند.

مطهری همچنین در اسفند ماه سال 90 در مناظره با سید محمود نبویان با اشاره به تجمع دانشجویان در مقابل مجلس در رابطه با طرح وقف اموال دانشگاه آزاد، ضمن توهین به دانشجویان، از این دانشجویان معترض به طرح وقف اموال دانشگاه آزاد، از آنها با عنوان "ساندیس خور" یاد کرده بود، لقبی که منجر به شکایت بسیج دانشجویی دانشگاه شریف از وی شد.

علی لاریجانی نیز در همان زمان یعنی زمانی که دانشجویان در اعتراض به هیئت رئیسه تحت مدیریت وی به دلیل اقدام غیرقانونی در وقف دانشگاه آزاد در مقابل مجلس تجمع کرده بودند، گفته بود که "این مصوبه دیگر این همه غوغاسالاری ندارد؛ اگر نسبت به جایگاه مجلس با دریدگی صحبت شود، به معنای آن است که منطقی عمل نشده است."

روز گذشته علی مطهری در یک نطق جنجالی، سخنانی را به زبان آورد که احتمالاً توجهی به بازخوردهای منفی آن برای نظام اسلامی و اصولگرایان نداشت، نطقی که نمایندگان مجلس طی مصاحبه‌هایی آن را موجب "وهن مجلس" و "هتاکانه" دانستند.

علی مطهری روز گذشته در نطق میان‌دستور خود گفته بود که "رئیس جمهور تحریک جنسی را در جامعه آزاد کرده و وضعیت پوشش فعلی، موجب ایجاد عقده‌های روانی در جامعه شده است و لذا احمدی‌نژاد باید به فکر تأسیس کاباره و کلوپ‌های شبانه باشد."

این اظهارت مطهری با استقبال رسانه‌های خبری ضدانقلاب از جمله بی‌بی‌سی فارسی قرار گرفت اما در داخل، اسماعیل کوثری نماینده مجلس هشتم و منتخب مجلس نهم از قوه قضائیه خواست که به عنوان مدعی‌العموم نسبت به اظهارات غیراخلاقی مطهری واکنش نشان دهد، ولی این پایان موضع‌گیری‌ها نبود و تعداد دیگری از نمایندگان ضمن مصاحبه با رسانه‌ها از این نطق مطهری انتقاد کردند.

سید محمد جواد ابطحی نماینده مردم خمینی‌شهر در این زمینه می‌گوید که مطهری به سمت و سویی حرکت می‌کند که می‌خواهد در مجلس نهم به عنوان یک "اپوزیسیون مخالف نظام" به فعالیت خود ادامه دهد.

با این وجود برخی سایت‌های خبری خبر دادند که تعدادی از نمایندگان مجلس و چهره‌های سیاسی خواستار عدم تصویب اعتبارنامه نمایندگی علی مطهری به خاطر مواضع وی شده‌اند، امری که با اظهارات روز گذشته وی هوادار بیشتری پیدا کرده است.